توجه مهمة المعهد نحو إيجاد حلول للقيود المفروضة على تصدير الثروة الحيوانية. ويمكن تحقيق هذه المهمة من خلال تنفيذ برامج البحث والتدريب في إطار الاستراتيجية الوطنية لتعزيز الموارد الحيوانية بالإضافة إلى تقديم المشورة والخدمات الإرشادية لأصحاب المصلحة المعنيين بتخصص المعهد والمساهمة في خدمة المجتمع والتنمية الريفية. ويقدم المعهد أيضا مشورة علمية وتقنية ويسهم في إدخال تقنيات جديدة في ميادينه ذات الصلة.