وتعتبر صحة الحيوان واحدة من أهم القضايا في تصدير الثروة الحيوانية. وهي تمثل ولا تزال تمثل القيد الرئيسي لصادرات السودان من الحيوانات. وتنشأ هذه الأهمية من حقيقة أن العديد من الأمراض الحيوانية تكون معدية وذات طبيعة وبائية يمكن للبلد المستورد أن يحميها أو أن هذه الأمراض تنتقل للإنسان (زونوسيس).

 

    ويمكن تلخيص وظائف وحدة صحة الحيوان وسلامة المنتجات الحيوانية في أنه يعمل لتحقيق أهداف المعهد في اسمه.

 

   لفهم إطار الوحدة في مجال تصدير الثروة الحيوانية، نلخص مسار تصدير الحيوانات في المحطات التالية، مع خروف هاماري كمثال:

 

     المحطة الأولى هي محطة التكاثر والتكاثر: وتشمل المناطق التي يقوم فيها أصحاب الأغنام بتربية حيواناتهم ضمن نطاق طبيعي في شمال وغرب كردفان.
     
والمحطة الثانية هي الأسواق الرئيسية: وتشمل المناطق التي تجمع فيها الأغنام وتسويقها. وهنا يختار المصدر أو وكيله القطيع الذي يريد شراءه وإنهائه بعد رفض بعض الحيوانات المريضة. ثم يعامل المصدر أو وكيله بعض الحيوانات ويعطي جرعات الحيوانات لبعض الأدوية مثل الديدان والمضادات الحيوية.
    
المحطة الثالثة هي مركز التفتيش والتطعيم: هنا تخضع الحيوانات للفحص البصري الذي يتم رفض الحيوانات المريضة على ما يبدو. ثم يتم إعطاء الحيوانات جرعات من بعض اللقاحات. وتبقى الحيوانات في المركز لعدة أيام قبل أن يتم نقلها إلى الحجر الصحي البيطري الأول بعد إعادة فحصها والمرضى يتم رفضهم.
     
المحطة الرابعة هي أول حجر بيطري: قبل دخوله إلى هذه المحطة، يتم فحص الحيوانات بصريا كما تم القيام به في مركز التفتيش والتلقيح. يتم جمع عينات الدم وإرسالها إلى المختبر لاختبار داء البروسيلات. تبقى الحيوانات بعض الأيام الأخرى قبل نقلها إلى المحطة التالية بعد إعادة فحص ورفض الحيوانات المريضة.

 

المحطة الخامسة هي الحجر الصحي البيطري النهائي: في هذه المحطة، تخضع الحيوانات لنفس الإجراءات من الحجر الصحي البيطري الأول، ولكن لا يتكرر اختبار الحمى المالطية. تبقى الحيوانات في هذه المحطة لاستكمال كامل فترة الحجر الصحي من 21 يوما، والتي يتم احتسابها اعتبارا من اليوم من الدخول إلى التفتيش